รุ่งเรือง อิศรางกูร ณ อยุธยา รับราชการในสังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เคยดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการกองโครงการเศรษฐกิจ ในปี พ.ศ. 2530 และดำรงตำแหน่งรองปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2536 จนเกษียณอายุราชการในปี พ.ศ. 2542 จากนั้นจึงได้รับตำแหน่งเป็นที่ปรึกษาด้านสินเชื่อเกษตรและชนบท ธนาคารกรุงเทพ จำกัด (มหาชน) จนถึงปี พ.ศ. 2549

รุ่งเรือง อิศรางกูร ณ อยุธยา ได้รับตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์[1] ในรัฐบาลหลังการรัฐประหาร พ.ศ. 2549 นำโดยพลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์ นายกรัฐมนตรี[2]